Pusat Penelitian dan Pengembangan (Puslitbang) Sistem dan Kebijakan Kesehatan didirikan pada tanggal 10 Nopember 1951 dengan nama Lembaga Penyelidikan dan pemberantasan Penyakit Kelamin (LP4K), kemudian tanggal 14 Pebruari 1965, LP4K menjadi Lembaga baru, yaitu Lembaga Kesehatan Nasional (LKN). Untuk menuju kesempurnaan, melalui SK Presiden No. 44 dan 45 tahun 1974, LKN dirubah menjadi Pusat Peselitian dan Pengembangan Pelayanan Kesehatan (P4K), dan agar lebih dapat memenuhi tuntutan era globalisasi dalam bidang kesehatan, maka Menteri Kesehatan menerbitkan SK No. 130/MenKes./SK/1/2000 tentang perubahan nama menjadi Puslitbang Pelayanan dan Teknologi Kesehatan.
Tahun 2001, Organisasi dan Tata Kerja Departemen Kesehatan dan Kesejahteraan Sosial berubahnya dengan terbitnya SK Men.Kessos No. 446 tahun 2001, kemudian Organisasi dan Tata Kerja Departemen Kesehatan berubah lagi dengan terbitnya SK Menkes. No. 1277/Menkes/SK/XI/2001dan terakhir berubah menjadi Pusat Penelitian dan Pengembangan Sistem dan Kebijakan Kesehatan berdasarkan Permenkes No. 1575/Menkes/Per/XI/2005.
Puslitbang Sistem dan Kebijakan Kesehatan secara hirarkis berada di bawah Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan RI, dan merupakan salah satu dari 4 Pusat Penelitian yang ada. Struktur Organisasi

TUGAS POKOK DAN FUNGSI
Sesuai dengan Permenkes No. 1575/Menkes/Per/XI/2005  tentang Organisasi dan Tata Kerja Departemen Kesehatan, maka Puslitbang Sistem dan Kebijakan  Kesehatan mempunyai tugas melaksanakan penelitian dan pengembangan dibidang Sistem dan Kebijakan Kesehatan. Untuk melaksanakan tugas sebagaimana tersebut diatas Puslitbang Sistem dan Kebijakan Kesehatan menyelenggarakan fungsi:

1. Penyiapan bahan perumusan kebijakan pelaksanaan dan teknis penelitian dan pengembangan di bidang sistem dan kebijakan kesehatan

2. Perencanaan program penelitian dan pengembangan serta evaluasi di bidang sistem dan kebijakan kesehatan

3. Pelaksanaan penelitian dan pengembangan di bidang sistem dan kebijakan kesehatan

4. Penyebarluasan hasil penelitian dan pengembangan di bidang sistem dan kebijakan kesehatan

5. Pelaksanaan tata usaha dan rumah tangga Pusat

Untuk kesejahteraan karyawan, Kepala Puslitbang Sistem dan Kebijakan Kesehatan membina unit organisasi non dinas (OND), yakni :

• Korpri

• Dharma Wanita

• KPRI Usaha Kita

Ketiga unit organisasi non dinas tersebut saling menopang dengan kegiatan dinas sehingga terjalin hubungan kerjasama yang positif.